ただでさえ面倒な事務作業に加え、マイナンバーなどの扱いはどうなるの？？と、担当者の方々からのお問い合わせも多くいただきます。
中でも、多い問い合わせについて、国税庁のFAQから抜粋いたしましたので、ご参考にしていただければと思います。 ※注）抜粋（番号は振り直してあります）
目次
A-1 扶養控除等申告書は平成28年1月以後に提出を受けるものについて、従業員本人、控除対象配偶者、控除対象扶養親族等の個人番号を記載してもらう必要があります。
A-2 平成27年中に提出する扶養控除等申告書については、法令上、個人番号の記載義務はありませんので、従業員がその記載を拒んだ場合は、記載を強制することはできません。この場合、個人番号の記載のないまま受理することとなりますが、平成28年分の源泉徴収票（税務署提出用）には、従業員の個人番号の記載が必要になりますので、源泉徴収票を作成するまでに、別途従業員から個人番号を取得する必要があります。
A-3 平成27年中に扶養控除等申告書の提出を受ける場合は、個人番号欄のない様式を用いても差し支えありません。ただし、個人番号欄のない様式を用いて、平成28年1月以後に提出を受ける場合は、余白等に個人番号を記載した上で提出を受ける必要があります。
※扶養控除等申告書の様式については、法令で定められているものではないため、法定記載事項を充足していれば適宜の様式を用いることができますが、平成28年分の扶養控除等申告書については個人番号欄のほか、国外居住親族に係る記載事項が追加されていますのでご注意ください。
A-4 平成28年1月以後に提出する扶養控除等申告書には、従業員本人、控除対象配偶者及び控除対象扶養親族等の個人番号を記載する必要がありますので、その記載内容が前年以前と異動がない場合であっても、原則、その記載を省略することはできません。しかしながら、給与支払者と従業員との間での合意に基づき、従業員が扶養控除等申告書の余白に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨を記載した上で、給与支払者において、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示するのであれば、扶養控除等申告書の提出時に従業員等の個人番号の記載をしなくても差し支えありません。
なお、給与支払者において保有している個人番号と個人番号の記載が省略された者に係る個人番号については、適切かつ容易に紐付けられるよう管理しておく必要があります。
A-5 個人番号の記載は、法令で定められた義務であることを説明し、提供を求めてください。それでもなお、提供を受けられない場合は、提供を求めた経過等を記録、保存するなどし、単なる義務違反でないことを明確にしておいてください。なお、平成27年12月以前に扶養控除等申告書の提出を求める場合には、法令上、当該申告書には個人番号の記載義務がありませんので、個人番号の提供を拒否された場合であっても、その経過等を記録する必要はありません。
A-6 扶養控除等申告書に従業員等の個人番号の記載がない場合であっても、扶養控除等の適用の可否を判断するために必要な事項が記載されていれば、申告書が提出されたものとして税額計算を行って差し支えありません。
A-7 扶養控除等申告書に個人番号を記載しなかった場合に罰則はありませんが、申告書への個人番号の記載は法令で定められた義務であることから、その記載を求めるようにしてください。
A-8 番号法上、本人から番号の提供を受ける場合は、その提供の都度本人確認を実施する必要があります。ただし、本人確認のうち番号確認については、確認書類の提示を受けることが困難な場合には、確認書類の提示を受けることに代えて、一度本人確認の上作成した特定個人情報ファイル（個人番号をその内容に含む個人情報ファイル）を参照することによって実施することができます。また、本人確認のうち身元確認については、雇用契約成立時等に本人確認を行っている従業員等であって、対面で確認することにより、個人番号の提供を行う者が本人であることが明らかな場合には確認書類の提示を受ける必要がありません。
以上がよく問い合わせいただく質問です。すごくざっくりとまとめさせていただきますと、年内の回収であれば、扶養控除申告書に個人番号を記載する必要はないということですね。
その他のFAQは【国税局】源泉所得税関係に関するFAQでご確認ください。
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